Después de los eventos de la serie original, Madoka Kaname y sus amigas continúan sus vidas como chicas mágicas en la ciudad de Mitakihara. Sin embargo, pronto descubren que algo extraño está ocurriendo: sus recuerdos están siendo alterados y la realidad misma parece distorsionada. A medida que investigan, se enfrentan a nuevas amenazas y desafíos que ponen a prueba su amistad y su comprensión del mundo mágico. La película explora temas de sacrificio, destino y la naturaleza del poder, culminando en un enfrentamiento épico que redefine el destino de las chicas mágicas.